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    分子動(dòng)力學(xué)

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    分子動(dòng)力學(xué)

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    項(xiàng)目介紹

    分子動(dòng)力學(xué)（Molecular Dynamics，MD）模擬是一套分子模擬方法，是研究凝聚態(tài)系統(tǒng)的有力工具。通過(guò)分子動(dòng)力學(xué)模擬，研究者得到體系原子的運(yùn)動(dòng)軌跡，可觀察到原子運(yùn)動(dòng)過(guò)程的各種微觀細(xì)節(jié)。通過(guò)對(duì)研究體系的動(dòng)態(tài)模擬，我們能夠在分子水平上理解生物大分子的運(yùn)動(dòng)與生物功能、蛋白-小分子之間相互作用機(jī)理、納米材料分子的自組裝過(guò)程。分子動(dòng)力學(xué)模擬是理論計(jì)算和實(shí)驗(yàn)方法的有力補(bǔ)充，廣泛應(yīng)用于物理、化學(xué)、材料科學(xué)和生物醫(yī)藥等領(lǐng)域。

    樣品要求

    1.       科研計(jì)算服務(wù)是一個(gè)探索的過(guò)程，其中存在不確定性。所有模擬計(jì)算只保證計(jì)算方法正確，至于結(jié)果是否完全符合客戶預(yù)期無(wú)法保證。

    （例如，DFT所用泛函本身采用了很多近似；另外當(dāng)前的模擬方法也存在很多近似（例如OER過(guò)程的吉布斯自由能計(jì)算中會(huì)忽略掉催化劑的表面電荷富集效應(yīng)與溶劑效應(yīng)等），這 都有可能導(dǎo)致計(jì)算結(jié)果和實(shí)驗(yàn)結(jié)果出現(xiàn)分歧（即某一問(wèn)題可能是多種因素共同作用的結(jié)果，單純考慮其中某一作用不足以反應(yīng)要研究的問(wèn)題本質(zhì)，目前也尚未有任何計(jì)算方法可以完全實(shí)現(xiàn)模擬仿真條件與真實(shí)實(shí)驗(yàn)條件的完全一致，因此研究問(wèn)題的哪個(gè)方面需要由客戶最終決定），因此，我們?cè)谟?jì)算過(guò)程中會(huì)盡可能減少可以避免的誤差，但是有些誤差受限于理論本身，不可避免，我們對(duì)此引發(fā)的后果不承擔(dān)任何責(zé)任。此外，分子力學(xué)或者分子動(dòng)力學(xué)等基于分子力場(chǎng)的模擬計(jì)算重現(xiàn)性可能不如第一性原理計(jì)算，因此不保證兩次獨(dú)立的相同體系相同任務(wù)的模擬可以得到完全定量一致的結(jié)果，對(duì)此引發(fā)的分歧，我們不承擔(dān)任何責(zé)任）。

    2.       請(qǐng)?zhí)峁╆P(guān)于結(jié)構(gòu)或者實(shí)驗(yàn)條件盡可能詳細(xì)的信息。

    比如材料中是否有缺陷，空位，是異質(zhì)結(jié)，還是負(fù)載團(tuán)簇模型等。如果不提供影響計(jì)算的關(guān)鍵信息，計(jì)算老師按著自己的理解去計(jì)算，由此導(dǎo)致的結(jié)果和費(fèi)用，請(qǐng)客戶自行承擔(dān)。

    3.       原始數(shù)據(jù)保存6個(gè)月。

    由于超算平臺(tái)的數(shù)據(jù)吞吐量較大，因此原始數(shù)據(jù)我們無(wú)償為客戶保存6個(gè)月，超過(guò)6個(gè)月的原始數(shù)據(jù)將會(huì)被刪除，請(qǐng)客戶知曉。且在6個(gè)月內(nèi)只提供原始數(shù)據(jù)，不再接受其他相關(guān)請(qǐng)求。

    4.       嚴(yán)格按照計(jì)算方案約定計(jì)算

    除本方案約定內(nèi)容之外，客戶如有其他特殊需求，請(qǐng)?zhí)崆案嬷?。如果需要補(bǔ)充計(jì)算可以補(bǔ)充下單。本著學(xué)術(shù)嚴(yán)謹(jǐn)?shù)膽B(tài)度，我們無(wú)法接受“人為調(diào)一下結(jié)果”，“調(diào)下參數(shù)使之更靠近我的預(yù)期”此類(lèi)要求，所有計(jì)算結(jié)果尊重原始結(jié)果數(shù)據(jù)，敬請(qǐng)客戶不要提出這種要求。如果客戶下單后，又提出此類(lèi)要求，我們有權(quán)利退單，由此造成的機(jī)時(shí)浪費(fèi)及經(jīng)濟(jì)損失由客戶承擔(dān)。

    5.       客戶如對(duì)計(jì)算結(jié)果有異議，可以申請(qǐng)復(fù)核。

    復(fù)核僅僅檢查“計(jì)算方法是否存在錯(cuò)誤”，“計(jì)算參數(shù)是否不合理”，“數(shù)據(jù)導(dǎo)入過(guò)程是否存在失誤”等問(wèn)題，如果上述檢查均沒(méi)有問(wèn)題，則認(rèn)定計(jì)算結(jié)果不存在理論上的錯(cuò)誤，這種情況下，不接受任何無(wú)償性質(zhì)的計(jì)算測(cè)試以及重新計(jì)算要求，請(qǐng)客戶知曉！

    項(xiàng)目案例

    擴(kuò)散

    離子形成過(guò)程

    分子對(duì)接

    自組裝

    拉伸

    分子動(dòng)力學(xué)

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