av影院在线观看-久久久久久国产精品视频-亚洲综合第一页-日日夜夜天天-快射视频网-国产精品国产-欧美三级午夜理伦三级中视频-国产日韩未满十八禁止观看-亚洲一区 国产-亚洲成av人片-久草综合视频-天天射影院-91精品一区二区-国产又粗又硬-黄色91免费-亚洲精品无码永久在线观看-中文字幕人妻高清乱码

    預(yù)存
    Document
    當(dāng)前位置：文庫(kù)百科 ? 文章詳情
    Gaussian量化模擬入門(mén)教程（四）：實(shí)例操作之多巴胺分子的結(jié)構(gòu)優(yōu)化及基本性質(zhì)分析
    來(lái)源：本站 時(shí)間：2020-11-04 10:49:12 瀏覽：12113次
    注：在未特別說(shuō)明的情況下，本文中涉及到的所有量化模擬實(shí)例均是在本地電腦（Windows系統(tǒng)）建模并生成輸入文件，在服務(wù)器（Linux系統(tǒng)）中進(jìn)行計(jì)算，最后在本地電腦進(jìn)行數(shù)據(jù)處理和分析。

    本文的目標(biāo)是對(duì)多巴胺分子進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化，并計(jì)算原子振動(dòng)，從而獲得多巴胺分子的理論紅外光譜與拉曼光譜。在此基礎(chǔ)上，簡(jiǎn)要展示如何通過(guò)Multiwfn軟件進(jìn)行波函數(shù)分析，從中獲取分子軌道、靜電勢(shì)等信息。
    首先通過(guò)GaussView建立多巴胺分析模型，保存為.gjf文件并修改如下圖所示，即在b3lyp/6-311g**精度下進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化（opt）并對(duì)優(yōu)化所得的穩(wěn)定結(jié)構(gòu)計(jì)算振動(dòng)模式（freq）。該計(jì)算也可拆分成兩次進(jìn)行，即先單獨(dú)進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化，再對(duì)優(yōu)化所得結(jié)構(gòu)單獨(dú)進(jìn)行振動(dòng)分析。但應(yīng)注意兩次計(jì)算所采用的理論方法、基組等參數(shù)必須完全一致。進(jìn)行振動(dòng)分析不僅耗時(shí)，同時(shí)對(duì)于計(jì)算資源的消耗也較大。若計(jì)算資源有限，請(qǐng)適當(dāng)降低計(jì)算精度（例如采用b3lyp/6-31g*）或嘗試計(jì)算更小的分子。
     Gaussian量化模擬入門(mén)教程（四）：實(shí)例操作之多巴胺分子的結(jié)構(gòu)優(yōu)化及基本性質(zhì)分析+參考圖1
    需要說(shuō)明的是，對(duì)于DFT計(jì)算若振動(dòng)分析的關(guān)鍵詞僅寫(xiě)“freq”的話(huà)只會(huì)輸出紅外振動(dòng)模式。若希望同步計(jì)算拉曼振動(dòng)模式的話(huà)，需寫(xiě)為“freq=raman”。多巴胺分子的總電荷顯然為0。作為典型的有機(jī)分子（非自由基結(jié)構(gòu)），其電子結(jié)構(gòu)為閉殼層，自旋多重度設(shè)定為1。
    在服務(wù)器中調(diào)用g09進(jìn)行計(jì)算（運(yùn)行命令：g09 < dopamine.gjf > dopamine.out）后，通過(guò)formchk工具將dopamine.chk文件轉(zhuǎn)換為dopamine.fchk（運(yùn)行命令：formchk dopamine.chk），隨后將.out文件和.fchk文件傳入回本地電腦進(jìn)行進(jìn)一步分析。
    通過(guò)GaussView打開(kāi)dopamine.out，在模型窗口點(diǎn)擊鼠標(biāo)右鍵—Results-Vibrations打開(kāi)振動(dòng)分析窗口，如下圖所示。該窗口中會(huì)顯示多巴胺分子的所有理論振動(dòng)模式的頻率、紅外及拉曼振動(dòng)強(qiáng)度。選擇感興趣的振動(dòng)模式，點(diǎn)擊Start Animation即可在模型窗口查看該振動(dòng)的具體形式。這些信息可作為參考，輔助對(duì)實(shí)驗(yàn)所得光譜數(shù)據(jù)的峰歸屬判斷，或?qū)χ丿B的峰進(jìn)行分峰處理。點(diǎn)擊Spectrum即可生成多巴胺分子的理論紅外/拉曼光譜。
     Gaussian量化模擬入門(mén)教程（四）：實(shí)例操作之多巴胺分子的結(jié)構(gòu)優(yōu)化及基本性質(zhì)分析+參考圖2
    由于GaussView對(duì)量化計(jì)算結(jié)果的分析能力有限，我們多傾向于采用Multiwfn進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。將dopamine.fchk用鼠標(biāo)拖入Multiwfn界面，回車(chē)。
     Gaussian量化模擬入門(mén)教程（四）：實(shí)例操作之多巴胺分子的結(jié)構(gòu)優(yōu)化及基本性質(zhì)分析+參考圖3
    根據(jù)提示即可輸出想要的信息。例如想要進(jìn)行分子軌道分析，根據(jù)提示選0，回車(chē)。Multiwfn界面便會(huì)輸出一些分子軌道的重要信息并打開(kāi)一個(gè)新的窗口。下圖紅框區(qū)域給出了多巴胺分子的最高占據(jù)軌道（HOMO）和最低空軌道（LUMO）的編號(hào)和對(duì)應(yīng)能量，以及這兩條分子軌道間的能量差（gap）。根據(jù)軌道編號(hào)信息，我們可以在圖形界面查看這些分子軌道的形狀。
     Gaussian量化模擬入門(mén)教程（四）：實(shí)例操作之多巴胺分子的結(jié)構(gòu)優(yōu)化及基本性質(zhì)分析+參考圖4
    在圖形界面中分別將Oribitals選為41和42，即可觀(guān)看多巴胺分子HOMO和LUMO的形態(tài)。
     Gaussian量化模擬入門(mén)教程（四）：實(shí)例操作之多巴胺分子的結(jié)構(gòu)優(yōu)化及基本性質(zhì)分析+參考圖5
    若希望輸出更多軌道的信息，可在圖形界面中選擇Oribital info.—show all，即可在Multiwfn中顯示該分子全部軌道的信息。下圖中可以看到多巴胺分子共有264條分子軌道以及每條軌道的的能量和電子占據(jù)情況。
     Gaussian量化模擬入門(mén)教程（四）：實(shí)例操作之多巴胺分子的結(jié)構(gòu)優(yōu)化及基本性質(zhì)分析+參考圖6
    Multiwfn同樣可用于顯示振動(dòng)計(jì)算結(jié)果，特別是對(duì)于拉曼光譜而言還可以通過(guò)設(shè)定溫度和激光波長(zhǎng)，將拉曼活性轉(zhuǎn)變?yōu)槔鼜?qiáng)度，所得數(shù)據(jù)與實(shí)驗(yàn)結(jié)果可比性更好。利用Multiwfn生成光譜時(shí)，應(yīng)載入dopamine.out文件而非dopamine.fchk。依次選擇“11 Plot IR/Raman/UV-Vis/ECD/VCD/ROA/NMR spectrum”—“1:IR”—“0 Plot spectrum”即可生成紅外光譜。若想生成拉曼光譜，則應(yīng)選擇“11 Plot IR/Raman/UV-Vis/ECD/VCD/ROA/NMR spectrum” —“2:Raman (or pre-resonance Raman)”—“19 Convert Raman activities to intensities”，依次輸入激光波長(zhǎng)（如532 nm）和溫度（如298.15 K），最后選“0 Plot spectrum”即可生成基于拉曼強(qiáng)度的拉曼光譜。
     Gaussian量化模擬入門(mén)教程（四）：實(shí)例操作之多巴胺分子的結(jié)構(gòu)優(yōu)化及基本性質(zhì)分析+參考圖7
    如果想要獲得多巴胺分子的RESP電荷，首先向Multiwfn載入dopamine.chk文件。根據(jù)提示分別選擇“7 Population analysis and atomic charges”—“18 Restrained ElectroStatic Potential (RESP) atomic charge”—“1 Start standard two-stage RESP fitting calculation”，待進(jìn)度條跑至100%后即會(huì)顯示出多巴胺分子的RESP電荷，如下圖所示。
    *補(bǔ)充說(shuō)明：請(qǐng)注意，從Linux系統(tǒng)中通過(guò)formchk工具得到的文件后綴名為.fchk，此處需首先將其重命名為.fch后再載入Multiwfn，否則在進(jìn)行RESP計(jì)算的過(guò)程中會(huì)失敗，可能是Multiwfn軟件自身的BUG所致。
     Gaussian量化模擬入門(mén)教程（四）：實(shí)例操作之多巴胺分子的結(jié)構(gòu)優(yōu)化及基本性質(zhì)分析+參考圖8
    輸入“y”即可將電荷信息保存至Multiwfn軟件本體所在文件夾路徑下（dopamine.chg），可用Notepad++打開(kāi)查看。
     Gaussian量化模擬入門(mén)教程（四）：實(shí)例操作之多巴胺分子的結(jié)構(gòu)優(yōu)化及基本性質(zhì)分析+參考圖9
    根據(jù)計(jì)算所得的靜電勢(shì)，可進(jìn)一步結(jié)合VMD軟件進(jìn)行處理，還可以得到精美的分子靜電勢(shì)分布圖，詳細(xì)操作參見(jiàn)sob老師的文章http://sobereva.com/443。根據(jù)需要，還可以繪制出兩個(gè)分子間的范德華表面穿透圖用于分析分子間的相互作用形式。
     Gaussian量化模擬入門(mén)教程（四）：實(shí)例操作之多巴胺分子的結(jié)構(gòu)優(yōu)化及基本性質(zhì)分析+參考圖10

    評(píng)論 / 文明上網(wǎng)理性發(fā)言
    12條評(píng)論
    全部評(píng)論 / 我的評(píng)論
    最熱 /  最新
    全部 3小時(shí)前 四川
    文字是人類(lèi)用符號(hào)記錄表達(dá)信息以傳之久遠(yuǎn)的方式和工具。現(xiàn)代文字大多是記錄語(yǔ)言的工具。人類(lèi)往往先有口頭的語(yǔ)言后產(chǎn)生書(shū)面文字，很多小語(yǔ)種，有語(yǔ)言但沒(méi)有文字。文字的不同體現(xiàn)了國(guó)家和民族的書(shū)面表達(dá)的方式和思維不同。文字使人類(lèi)進(jìn)入有歷史記錄的文明社會(huì)。
    點(diǎn)贊12
    回復(fù)
    全部
    查看更多評(píng)論
    相關(guān)文章

    基礎(chǔ)理論丨一文了解XPS（概念、定性定量分析、分析方法、譜線(xiàn)結(jié)構(gòu)）

    2020-05-03

    手把手教你用ChemDraw 畫(huà)化學(xué)結(jié)構(gòu)式：基礎(chǔ)篇

    2021-06-19

    晶體結(jié)構(gòu)可視化軟件 VESTA使用教程（下篇）

    2021-01-22

    【科研干貨】電化學(xué)表征：循環(huán)伏安法詳解（上）

    2019-10-25

    【科研干貨】電化學(xué)表征：循環(huán)伏安法詳解（下）

    2019-10-25

    XRD的基本原理與應(yīng)用

    2020-11-03

    熱門(mén)文章/popular

    基礎(chǔ)理論丨一文了解XPS（概念、定性定量分析、分析方法、譜線(xiàn)結(jié)構(gòu)）

    手把手教你用ChemDraw 畫(huà)化學(xué)結(jié)構(gòu)式：基礎(chǔ)篇

    晶體結(jié)構(gòu)可視化軟件 VESTA使用教程（下篇）

    【科研干貨】電化學(xué)表征：循環(huán)伏安法詳解（上）

    電化學(xué)實(shí)驗(yàn)基礎(chǔ)之電化學(xué)工作站篇 （二）三電極和兩電極體系的搭建 和測(cè)試

    【科研干貨】電化學(xué)表征：循環(huán)伏安法詳解（下）

    微信掃碼分享文章
    云阳县| 屯昌县| 鲁甸县| 信阳市| 宝鸡市| 怀来县| 古丈县| 全州县| 湟源县| 方城县| 南部县| 屏山县| 礼泉县| 旬阳县| 夏河县| 利川市| 页游| 项城市| 西充县| 哈尔滨市| 陆川县| 监利县| 绍兴县| 靖边县| 铜鼓县| 呼图壁县| 鄂尔多斯市| 五原县| 托克逊县| 安溪县| 普格县| 汶川县| 盐城市| 民和| 昭觉县| 南京市| 澎湖县| 武强县| 错那县| 高雄市| 泾源县|
    +

    你好，很高興為您服務(wù)！

    發(fā)送