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    Fullprof模塊簡介及精修相關(guān)問題
    來源：王小z XRD Refineme 時間：2020-05-31 09:11:27 瀏覽：11585次

    本文授權(quán)轉(zhuǎn)載自王小z XRD Refinement

    Fullprof模塊簡介及精修相關(guān)問題


    Fullprof幾乎每年都會進(jìn)行更新，每個版本更新以及修改都可以在“FullProf_News_Year”中找到。最新的是在2020年5月更新的版本，全平臺支持，且加入了很多新功能。這里就其一些新功能進(jìn)行說明。

    1、PDF擬合

          新版本基于F語言，加入了PDF擬合模塊（以前就有，該版本特別說明）。依據(jù)CIF文件提前編寫好cfl文件，再調(diào)用終端窗口進(jìn)行運行即可。這里只給出運行的范例，對該功能與PDFget等的數(shù)據(jù)處理結(jié)果不進(jìn)行對比，有需要的小伙伴可以自己進(jìn)行分析比較。用于擬合的cfl文件有簡單的參考模板，可依據(jù)進(jìn)行學(xué)習(xí)。

    2、層狀材料精修

          Fullprof集成了FAULTS程序，該程序可用來計算缺陷層狀晶體的衍射強度。該工具已被廣泛用于解釋一維無序系統(tǒng)的衍射數(shù)據(jù)，其算法利用在隨機堆疊序列中發(fā)現(xiàn)的模式的遞歸性質(zhì)來計算發(fā)生在每個層散射的平均擾動波函數(shù)。使用該軟件可以很好的對LixNi1:02O2 (x ≤0.3) ，設(shè)置精修時，直接設(shè)定每層的原子位置，精修結(jié)果如圖所示。

    3、GLOpSAnn（Global Optimization by Simulated Annealing）

          由粉末衍射數(shù)據(jù)獲得int文件，然后依據(jù)int文件執(zhí)行模擬退火獲得PbSO4的晶體結(jié)構(gòu)。int文件可通過Fullprof主程序獲得，設(shè)置好參數(shù)后，解析結(jié)構(gòu)獲得CIF文件所需時間為2分鐘，并直接給出BVS計算的鍵價結(jié)果；該程序相比Fullprof自帶的模擬退火功能，在編寫cfl后，加以鍵價的匹配，運行速度會更快。


    二、問題講解


     Fullprof作為一款免費的晶體學(xué)軟件，其重要的功能便是粉末衍射精修，然而該軟件上手難，參考資料少，使用過程中總出現(xiàn)其特有的或是精修共有的一些問題，這里收集了部分后臺留言問題，根據(jù)個人經(jīng)驗進(jìn)行解答分析，不當(dāng)之處請指正。

    問題1、峰型不對稱性如何修正？修正參數(shù)和GSAS的有何區(qū)別？

    解釋：目前使用Fullprof進(jìn)行粉末衍射精修，X射線衍射峰描述使用的是經(jīng)驗性的峰型函數(shù)“pseudo-Voigt”或者“Pearson VII”。該函數(shù)是不具備非對稱性的，非對稱性修正采用的是如下公式：

    方法1：如果使用的是“pseudo-Voigt”函數(shù)，需要在pcr文件中AsyLim給定非對稱角度，代表修正低于給定角度的非對稱性。比如：AsyLim 40,即代表：修正40°以下的非對稱性。

    此時，可修正的參數(shù)為 P1, P2, P3, P4。      

    修正前：    

    修正后：

    具體在軟件中操作位置如下：


    方法2：當(dāng)然，大家可能發(fā)現(xiàn)在GSAS中修正參數(shù)常見的是S/D，其實這是使用另外一種峰型函數(shù)?！?/span>Thompson-Cox-Hastings pseudo-Voigt convoluted with axial divergence asymmetry”，當(dāng)使用該函數(shù)描述峰型時，修正的參數(shù)即為S_L, D_L。對兩個參數(shù)的定義如下：S_L is source width/detector distance；D_L is detector width/detector distance。在軟件界面修正位置如下:



    問題2、描述衍射峰型的參數(shù)U、V、W以及Eta等應(yīng)該怎么選？

    解答：峰型描述是粉末精修中的一個難點。峰型擬合的好壞直接影響精修結(jié)果，且峰型含有諸多信息。這里我們以經(jīng)驗 “pV”函數(shù)為例進(jìn)行說明。

    “pV”函數(shù)表達(dá)式如下：

    方法：精修默認(rèn)初始值U = 0.004，V = -0.008，W = 0.006，Eta = 0, x = 0.018；這一系列數(shù)值是不能很好的描述常見的X衍射峰型的，因此對初始精修造成了一些困難，如果我們在精修之前就知道大致的峰型參數(shù)，再去精修，事情就會變得簡單多了。Fullprof中的WinPLOTR可以實現(xiàn)我們的想法，具體操作如下：

    1. 打開WinPLOTR，打開要精修的數(shù)據(jù)；

    2. “Points Selection”——“Peak search”，選擇doublets；

    3. “Calculations”——“Profile fitting”。進(jìn)行峰型擬合，運行結(jié)束后如圖所示，此時，擬合結(jié)果一般，繼續(xù)擬合；

    4. 峰型擬合一般，返回工作目錄下，打開.NEW文件，將“U、W、Eta”的Flag進(jìn)行修改，隨后進(jìn)行如下步驟：“Calculations”——“Fit with.NEW”，選擇修改后的.NEW文件，隨后選擇數(shù)據(jù)文件，運行結(jié)果如下：此時，chi2 = 13.21;

    5. 重復(fù)第四步，將“U、W、Eta、Bac.、以及FWHM”的Flag進(jìn)行修改，經(jīng)過多次循環(huán)，最終chi2 = 3.94,擬合結(jié)果如下圖所示，同時，峰型描述的初始值我們已經(jīng)得到，打開.NEW文件，找到U、V、W等參數(shù)，將該參數(shù)作為精修的初始參數(shù)即可。


    問題3、精修后數(shù)據(jù)如何導(dǎo)出？怎么作圖？

    回答：這一步雖然不難，但是對于新手也算是一個盲點。精修完成后需要將數(shù)據(jù)進(jìn)行輸出作圖，誰不喜歡原創(chuàng)呢，誰愿意截圖，涉及到的軟件為Origin。

    1.精修完成之后，去精修目錄找到.prf文件，使用WinPLOTR打開，打開如下，默認(rèn)顯示四種數(shù)據(jù)，紅色框內(nèi)所示；

    2. “File”——“Save data as”，選擇XYY格式，保存；

    3. 將數(shù)據(jù)導(dǎo)入Origin，如下：

    4. 全選所有數(shù)據(jù)，作圖使用“Line”模式，如下：

    5. 選中圖形，右鍵“Ungroup”，將每個數(shù)據(jù)進(jìn)行區(qū)分；然后雙擊數(shù)據(jù)線進(jìn)行格式修改；

    6. Yobs選中Scatter，顏色和樣式依據(jù)個人喜好，這里我選擇的是紅色圓圈；

    7. 其余的Ycalc和Yobs-Ycalc都是line模式，顏色我這里選擇的分別是黑色和藍(lán)色；

    8. Bragg_position，選擇Scatter，下拉選擇“小豎線”，修改顏色和粗細(xì)即可；修改后結(jié)果如下：


    9. 最后調(diào)整一下字體，邊框粗細(xì)和坐標(biāo)范圍即可，最終結(jié)果如下；

    10. 為了便于作圖，可將該圖形保存為模板，下次作圖一鍵使用模板即可，方便快捷。

    免責(zé)聲明：本資源來源于王小z XRD Refinement，版權(quán)歸原作者所有，本文僅作交流學(xué)習(xí)之用，不作任何商業(yè)用途，若有侵權(quán)，請聯(lián)系刪除，謝謝理解！

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    12條評論
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    全部 3小時前 四川
    文字是人類用符號記錄表達(dá)信息以傳之久遠(yuǎn)的方式和工具?，F(xiàn)代文字大多是記錄語言的工具。人類往往先有口頭的語言后產(chǎn)生書面文字，很多小語種，有語言但沒有文字。文字的不同體現(xiàn)了國家和民族的書面表達(dá)的方式和思維不同。文字使人類進(jìn)入有歷史記錄的文明社會。
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